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La experiencia de los primeros egresados en Licenciatura en Bioinformática del país

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La experiencia de los primeros egresados en Licenciatura en Bioinformática del país

En la Facultad de Ingeniería de la Universidad Nacional de Entre Ríos (FI-UNER) en la localidad de Oro Verde se dicta la carrera de Licenciatura en Bioinformática, única en el país. Esta carrera, surgió a partir de la iniciativa de un grupo de docentes e investigadores de la FI-UNER que veían la existencia de un nueva oportunidad para formar profesionales capaces de asociar la informática con el manejo de datos biológicos.

Este año tiene gran relevancia para esta institución porque se recibieron los primeros alumnos que iniciaron el cursado de esta carrera en el 2006, ellos son: Germán Gonzalez, Victoria Dumas, Gonzalo Parra, Cristian Rhor, Juan Pablo Bustamante, Marcia Anahí Hasenahuer, Leonardo López, Germán Burguener y Luisina Pocay.

Luisina Pocay fue la primera en defender su tesis frente a un auditorio repleto de familiares, amigos, futuros colegas, docentes y autoridades de la FI-UNER. Ella define su profesión afirmando que “la Bioinformática es una disciplina que permite relacionar al biólogo con las herramientas informáticas. Surge ante la necesidad de gestionar los datos originados en el estudio del genoma humano y su promesa de mejorar la calidad de vida de las personas. Hoy, se puede definir como la investigación, desarrollo y aplicación de herramientas computacionales para adquirir, organizar, simular, analizar y visualizar datos biológicos y de la salud. Es un campo de la ciencia donde confluyen la biología, la informática y las tecnologías de la información”.

Otra de las recientes egresadas, Victoria Dumas, es más escueta y contundente: “para mí es la disciplina que se encarga de aplicar herramientas matemáticas e informáticas para la solución de problemas de índole biológica”. Germán González no se quedó atrás al enunciar: “Para mi es la disciplina que busca resolver problemas biológicos utilizando métodos computacionales”.

Si bien las definiciones pueden ser variadas, el objetivo de la Facultad de Ingeniería es uno: “Apostamos a que los chicos vean la Bioinformática como una carrera con futuro, tan o más valiosas que las tradicionales. El desafío es ofrecer a la región, una carrera de punta, con amplia salida laboral que van desde la actuación en el campo de la investigación hasta la producción de medicamentos, la generación de proteínas, la secuenciación del genoma, entre otras”, argumentó el Secretario de Extension Pedro Tomiozzo.

“El cursado de la carrera fue muy interesante. Al ser los primeros, hizo que seamos los nenes mimados de la Facultad, pero a la vez está siempre presente el factor incertidumbre. Nunca sabíamos como iban a ser los parciales o los finales. Fuimos un grupo muy compacto durante los cinco años de cursado, fue muy lindo y atípico en una carrera universitaria”, así describe Gonzalo Parra su paso por la Facultad.
Juan Pablo Bustamente, acota: “Sin duda, es una carrera que necesita de un continuo seguimiento y de mucha voluntad para llevarla al día. Pero lo más interesantes es que se aprenden muchas cosas, no solo académicas sino formativas para la personalidad de uno”.

Estos estudiantes describen la vida en la Facultad con mucha emoción, pero a su vez los posiciona frente a un gran desafío, el mercado laboral. Sobre esto, Germán Gonzalez expresa: “Siempre existen los temores propios de que somos la primera promoción, pero creo que estamos capacitados para el mercado laboral”.

“Es imporante destacar que la Facultad nos acompañó activamente en el proceso. Sobre todo en los últimos años nos asesoraron en cuanto a la búsqueda de temas de tesina, nos ayudaron económicamente para la asistencia a reuniones científicas y cursos de especialización, siempre dentro de las posibilidades de una universidad pública”, resalta Gonzalo Parra.

Cada año se plantea un desafío para la FI-UNER, porque la curricula se debe ir adaptando a las necesidades que el sistema propone y eso requiere de gran dedicación y estudio. Como en cualquier carrera que recién comienza, es destacable el intercambio de opiniones entre todos los actores que participan: alumnos, docentes y autoridades. “Es interdisciplinaria, por esto es fundamental establecer una buena relación entre los contenidos de las diferentes asignaturas”, cuenta Victoria Dumas.

“Creo que más allá de que nos gusta esta carrera, conocí muy buenas personas, tanto profesores como compañeros. Compartí muy lindas experiencias, tuvimos la oportunidad de asistir a congresos con la ayuda de la Facultad y conocer gente importante, de hecho así fue como la mayoría de nosotros consiguió un tema de tesis y/o un lugar donde trabajar después”, cuenta Marcia Anahí Hasenahuer.

En 2011, estos chicos estarán estrenando título universitario que les abre las puertas para el trabajo y el perfeccionamiento mediante maestrías, doctorados, etc. Todos hacen hincapié en que no son estudiantes genios, sino que destacan las ganas y perseverancia frente a este desafío que los llevó a ser Bioinformáticos, una experiencia gratificante para todos.

Las primeras Tesinas de Grado
GERMÁN GONZÁLEZ
En julio del año pasado participé en un curso dictado por Dr. Elmer Fernández de la Universidad Católica de Córdoba sobre "Minería de datos". Entonces surgió la idea de hacer la tesina con él.
El proyecto consiste en poner en marcha una plataforma para el análisis de datos provenientes de experimentos de microarreglos. Esta es una tecnología relativamente reciente que permite ver cuales genes se encuentran "encendidos" en una determinada situación y cuales no. Es importante conocer esto porque es lo que diferencia a unos tejidos del cuerpo de otros a pesar de que todos tienen el mismo ADN. Además se sabe que muchas enfermedades se deben a genes que se "encienden" o "apagan" cuando no deben hacerlo. En el caso de este proyecto se muestra una aplicación de esta tecnología a un estudio que compara el efecto de diferentes medicamentos utilizados en el tratamiento del Parkinson.

VICTORIA DUMAS
En abril del 2009, por inquietud propia, asistí a un congreso que organizó la Universidad Nacional de Quilmes. En dicha reunión, tuve la posibilidad de conocer a mucha gente que se encuentra trabajando en bioinformática en Argentina. Entre ellos, surgió el contacto con el director del grupo de Minería de bio-datos de la Universidad Católica de Córdoba. Él fue quien me dio la posibilidad de realizar el trabajo final de mi carrera en colaboración con un proyecto de investigación del que formé parte.

Mi trabajo consiste en la implementación de un sistema informático para dar soporte a una red de biobancos que son sitios en los cuales se almacenan muestras de pacientes para luego realizar investigaciones que permitan ampliar el conocimiento acerca de las diversas enfermedades que pueden afectar a las personas. Dado que las enfermedades en general son muy complejas, es necesario recolectar una gran cantidad de datos de cada paciente para poder generar conocimiento útil. Estos datos pueden provenir tanto de la entrevista que el médico hace al paciente, como de las muestras de sangre o tejidos que se le extraen. La gran cantidad de datos que se genera hace que sea imposible de manejar sin un adecuado sistema informático que permita saber en qué lugar está depositada cada muestra, si se utilizó quién la utilizó, que cantidad queda, etc. Además, al tratarse de una red de biobancos, son muchas y diversas las instituciones y los profesionales que interactúan con el sistema, por lo cual es muy importante utilizar un lenguaje común, para que todos puedan acceder a la información. En mi tesina se implementa un sistema especialmente diseñado para satisfacer estas necesidades. El contenido de mi trabajo puede ser utilizado además, como guía para quien requiera realizar la instalación del mismo sistema, puesto que se mencionan todos los detalles del proceso de instalación y configuración, junto con las dificultades halladas y la forma en que fueron resueltas.

GONZALO PARRA y CRISTIAN ROHR
El camino al proyecto final fue quizás, el aspecto mas escabroso en el cursado de la carrera. Al no saber que grupos se dedicaban a la bionformática dentro del país, no teníamos mucha idea que temas podíamos elegir para realizar la tesina y dentro de la Facultad no hay ningún grupo que se dedique a la investigación bioinformática de forma exclusiva. Recién llegando a la segunda mitad del 4to año la mayoría de nosotros encontramos grupos afines a nuestros gustos y necesidades con quienes nos comprometimos a realizar nuestro proyectos finales.
El tema de la tesina pertenece a un proyecto de investigación de un laboratorio de la UBA con quien colaboramos durante la ejecución del mismo. La investigación se relaciona con el tema de cómo se regula el desarrollo de células madre embrionarias. Estas son importantes para la investigación clínica ya que al mutar permitirán tratar enfermedades como Alzheimer, Parkinson, Infartos de miocardio, diabetes y muchas otras, lo mismo ocurre con el cáncer.
Nuestro tema de tesina intenta hacer un pequeño aporte al conocimiento y entendimiento de estas valiosas células. No obstante no hay que ser sensacionalistas, con nuestra investigación se pretende hacer un aporte para que en algún momento, conjuntamente a otras investigaciones, se llegue a una posible solución a estos males que aquejan a tanta gente alrededor del mundo.

MARCIA ANAHÍ HASENAHUER
Llegué a la temática de mi tesina porque estaba realizando una adscripción en el Laboratorio de Microscopía Aplicada a Estudios Moleculares y Celulares de la Facultad, donde estudian ciertas proteínas llamadas cadherinas. Estoy haciendo un estudio evolutivo, aplicando filogenia molecular, de las secuencias protéicas de ciertas cadherinas, entre distintas especies animales.El desarrollo de la tesina incluye búsqueda de información en publicaciones científicas, consultas en bases de datos, utilización de software bioinformático, algunos via web otros en mi computadora o por acceso remoto al cluster de computadoras de la Facultad. Los resultados que obtenga serán un aporte más al conocimiento acerca de estas proteínas, cuya ausencia o expresión anormal se ha demostrado que puede incurrir en que progresen ciertos tipos de tumores.

LUISINA POCAY y WALTER ELIAS
Al proyecto final llegamos por un contacto con el Dr. Naya del Instituto Pasteur de Montevideo, Uruguay. En un principio, él nos planteó posibles situaciones de estudios en  Bioinformática y nosotros, como grupo, optamos y elegimos la de mayor interés. El proyecto consiste en el diseño y la implementación de una base de datos de pipelines flexibles de análisis para genómica comparativa de espiroquetas.

LEONARDO LÓPEZ  y GERMÁN BURGUENER
Estoy desarrollando mi Tesina en la Facultad de Ingenieria y Ciencias Hídricas de la UNL, en el Laboratorio de Investigación en Señales e Inteligencia Computacional (SINC(i)), a raíz de una propuesta de Leonardo Giovanini, investigador del SINC(i), que dictó una clase en carácter de invitado en la cátedra de Modelización de Sistemas Biológicos.
En la Tesina se efectúa una comparación entre técnicas clásicas de modelado de epidemias y técnicas más sofisticadas basadas en autómatas celulares y agentes autoorganizados, implementando los algoritmos en forma paralelizada, a través de placas Nvidia y el lenguaje de programación CUDA C.
La aplicación de la paralelización representa una desafío, porque el uso de placas gráficas para simulaciones en el área académica tiene un nivel de desarrollo muy incipiente, y se debe comenzar desde cero en la mayoría de los casos.

JUAN PABLO BUSTAMANTE
A través de la asistencia a un congreso en Buenos Aires. Mi tesis trata sobre el estudio
computacional de la adaptación de unas proteínas a altas temperaturas. Es decir, lo que
yo hago es simular con una computadora cómo se comportan determinadas proteínas
(que son pequeñas maquinarias que tenemos en el organismo, dentro de cada célula) adaptadas y no adaptadas a altas temperaturas al introducirlas en lugares a temperatura
ambiente (25°C) y a temperaturas elevadas (90°C), a las cuales una persona no resistiría
y moriría. Básicamente, lo que busco es encontrar cuáles son las diferencias que poseen
estas proteínas (las adaptadas y las no adaptadas) que hacen que algunas puedan “vivir”
y otras “mueran” a altas temperaturas. Esto tiene potencial impacto en procesos
biotecnológicos y en ingeniería de proteínas. La tesis fue llevada a cabo trabajando
durante un año y medio con gente del Laboratorio de Modelado Molecular de la Facultad
de Ciencias Exactas y Naturales de la Universidad de Buenos Aires. Para lograr el
resultado final, durante este tiempo viajé periódicamente a Buenos Aires y asistí a varios
congresos y cursos.